患者さん個人の歯列の形態に合わせたカスタムメイドのトレー、ドラッグリテーナーを作製します。歯面に強固に付着している細菌の膜バイオフィルム)を、染色液を使って染め出します。染色は、3DSを行なううえで極めて重要なステップです。バイオフィルムの除去法には(1)ハンドクリーニング、(2)PMTC、(3)エアーアブリージョンの3つの方法があります。除去する部位によって3方法を使い分け、歯科衛生士が徹底的に清掃を行ないます。ハンドブラシ、フロス、歯間ブラシ、舌クリーナーなどを用いて歯間部、隣接面、歯周ポケット、舌背など、軟組織と歯の周辺のバイオフィルムを除去します。用の研磨剤や器具を用いて機械的に歯面清掃を行ないます。主に表面積の大きな部位のバイオフィルムを徹底的に除去し、薬剤を作用しやすくします。PMTCでは除去できない、修復物の間隙などのアンダーカット部のバイオフィルム除去に適しています。